(整列RNA配列群に対する2次構造予測精度の改善)
Improving the accuracy of predicting secondary structure for aligned RNA sequences
2010年9月30日
みずほ情報総研 浜田 道昭
東京大学 佐藤 健吾
東京大学 浅井 潔
アラインメント（整列）されたRNA配列群の2次構造を予測すること（共通2次構造予測とも呼ばれる）は、従来の2次構造予測の精度を向上させるだけでなく、ゲノム配列中からノンコーディングRNAを発見する際にも有用であり、その重要性が注目されている。現在、共通2次構造予測に対する複数の予測アルゴリズムが提案されているが、さらなる精度の向上が期待されている。本論文においては、精度向上に向けて、既存の最先端の共通2次構造予測アルゴリズムの理論的な分類を行う。 この分類は、バイオインフォマティクスの様々な分野で応用されている、期待精度最大化の観点に基づいている。この分類により、既存のアルゴリズムの問題点を明らかにした後に、我々が以前提案したアルゴリズム（CentroidAlifold）の改善方法について述べる。計算機実験では、改善したCentroidAlifoldは他のアルゴリズムより優れていることが示された。
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Nucl. Acids Res. (2010), doi: 10.1093/nar/gkq792
Nucl. Acids Res. (2010), doi: 10.1093/nar/gkq792(PDF/395KB)
- 本レポートは、Nucl. Acids Res. (2010), doi: 10.1093/nar/gkq792 に掲載されたものです。
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