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バイオ分子相互作用シミュレータMIZUHO/BioStation 機能

機能一覧

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機能 概要
FMO法 FMO2法, FMO3法、FMO4法
エネルギー計算 HF法, MP2法, LMP2法, MP3法
エネルギー勾配 HF法, MP2法
基底関数 STO-3G,および6-31G基底系、モデルコアポテンシャル (MCP)
構造最適化 BFGS法,CG法,PRCG法,部分構造最適化
population解析 Mulliken電荷,NBO電荷
BSSE補正 Counterpoise法
IFIE解析 フラグメント間の相互作用エネルギーを定量的に解析(FMO4法に対応)
PIEDA解析 IFIEを4つのエネルギー成分(静電項、交換反発項、電荷移動項、分散項)に分解した解析
IFIE map IFIEの2次元マップによる二体相互作用の網羅的解析
VISCANA 相互作用パターンの階層的クラスター解析によるリガンド類似性の抽出
CAFI 軌道レベルの電荷移動・分極相互作用解析
FILM 軌道レベルの分散相互作用解析(CH/π, π/π相互作用等)
CHPI CH/π相互作用を解析・可視化
グリッドデータ解析 電子密度、静電ポテンシャル、分子軌道、電場ベクトル

動作環境

(1)MIZUHO/ABINIT-MP

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マシン環境 CPU: Intel® Xeon® 2.0GHz (相当)
4コア以上(16コア以上を推奨)
メモリ:16GB以上
(1コア当たり4GB以上推奨)
HDD空き容量:10GB以上
OS Linux (64bit版)、Windows® XP/7(64bit版)
その他ライブラリ OpenMPI、Intel compiler (Math Kernel Library 付属のver. 11.0以上)が必須

(2)MIZUHO/BioStation Viewer

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マシン環境 CPU:Pentium®IV 2.0GHz(相当)以上
メモリ:1GB以上
HDD空き容量:100MB以上
グラフィックボード:VRAM256MB以上
OS Windows® XP/7

  • *上記は推奨動作環境の一例です。
  • *「BioStation」、「ABINIT-MP」は、国立大学法人東京大学の登録商標です。
  • *Windows®は米国Microsoft Corporationの米国およびその他の国における登録商標または商標です。
  • *その他記載の製品、サービス名は、各社の登録商標または商標です。
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